Se essa pergunta fosse feita alguns anos atrás, a resposta seria que a manteiga é melhor por ser um alimento mais natural e por ter ausência de gorduras trans, diferente das margarinas.
Hoje, alguns anos depois, a margarina leva a vantagem nutricional. Isso se dá principalmente por conta de um novo processo de fabricação, a interesterificação, em que torna possível a produção de margarinas sem gordura trans na sua composição. Assim, em comparação com as manteigas, temos que:
Margarinas possuem menos gorduras trans;
Margarinas possuem menos gorduras saturadas (relacionadas com o maior risco de doenças, obesidade e sobrepeso);
Margarinas possuem mais gorduras insaturadas (as gorduras boas, que devemos priorizar e são importantes para a saúde);
Detalhe: isso não significa que são reduzidas em gorduras, muito pelo contrário.
A única vantagem da manteiga se dá pelo fato de serem mais naturais.
Então devo sempre optar por margarina?
Não necessariamente! Vou explicar:
Nossa alimentação deve ser avaliada a partir de todo o contexto alimentar diário e semanal. Independente dessa leve vantagem, tanto as margarinas quanto a manteiga devem estar em baixíssima quantidade na alimentação, pois são alimentos fontes de gordura e consequentemente altos em calorias.
Dessa forma, caso prefira manteiga, sem problemas, apenas se atente em reduzir a quantidade e preferencialmente optar pela sem sal. Caso queira trocar pela margarina, tudo bem também, mas isso não te dá aval para exagerar na quantidade.